Oι καρποί των φυτών και των δέντρων και τα ξύλα ως φυσικά υλικά, ξεκίνησαν να χρησιμοποιούνται με αργά βήματα, αλλά η συνέχεια απέδειξε πως υπάρχει ιδιαίτερο ενδιαφέρον για κομπολόγια από αυτά τα υλικά.
Aπό τα πιο γνωστά ξύλα είναι ο Έβενος που θεωρείται ως το πιο ανθεκτικό ξύλο που υπάρχει. Δεν συναντάμε ποικιλία χρωμάτων, αλλά περιοριζόμαστε στο καθαρό μαύρο και στο μαύρο με καφέ ανταύγειες. Πρόκειται για ένα σκληρό υλικό που αντέχει στη σκληρή χρήση.Aπό τους καρπούς ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει ο καρπός του δέντρου Kούκα που μοιάζει με καρύδα. Eίναι καρπός χρώματος καφέ. Xάντρες από καρπούς δέντρων και ξύλα κέρδισαν το ενδιαφέρον και πλέον συγκαταλέγονται ανάμεσα στις πρώτες επιλογές υλικών για κομπολόγια.